Die Gesellschaft dient der Förderung der altertumswissenschaftlichen Forschung, der Zusammenarbeit und dem Austausch zwischen den verschiedenen altertumswissenschaftlichen Disziplinen, der Förderung des altertumswissenschaftlichen Studiums an den Universitäten und der Vertretung der Interessen der altertumswissenschaftlichen Forscher und Fachdisziplinen gegenüber der Öffentlichkeit. Hierzu gehört etwa das Eintreten für altertumswissenschaftliche Institutionen der Forschung, die von Stellenstreichungen oder Schließung bedroht sind; die Förderung der Präsenz altertumswissenschaftlicher Forschung in der Öffentlichkeit; die Förderung des wissenschaftlichen Nachwuchses.

Ein Schwerpunkt liegt zudem auf dem wissenschaftlichen Austausch zwischen Alter Geschichte, Klassischer Archäologie und Klassischer Philologie sowie verwandter Disziplinen im Rahmen der regelmäßigen Tagungen der Mommsen-Gesellschaft. Ein weiteres Tätigkeitsfeld ist die Auszeichnung herausragender altertumswissenschaftlicher Arbeiten: die Gesellschaft verleiht seit 1991 alle zwei Jahre den Bruno-Snell-Preis für eine herausragende Arbeit des wissenschaftlichen Nachwuchses im Bereich des griechisch-römischen Altertums.